El nombre del monasterio proviene de la leyenda popular del hallazgo de la reliquia de San Andrés en un arroyo, donde había algunos restos anteriores.

     El monasterio de san Andrés fue fundado por la condesa Doña Mencía, La comitissa et abbatissa donna Mencie (condesa y abadesa doña Mencía) era hija de Lope Díaz I de Haro, señor de Vizcaya y alférez del rey, y su segunda esposa, Aldonza Ruiz de Castro. Doña Mencía nació en torno a 1155 y se desposó con el conde Álvaro Pérez de Lara, quien falleció en 1173, lo que motivó a la joven viuda a emprender la fundación de un monasterio cisterciense, en el que ocupó el cargo de abadesa hasta su fallecimiento en 1228 o 1229. Mujer de gran decisión e inteligencia, supo afianzar su posición y la de su fundación en el marco de los enfrentamientos entre los Lara y los Haro, sirviéndose de su linaje de sangre y de su matrimonio para no verse afectada por los conflictos nobiliarios en Castilla.

Doña Mencía, testamentaria de Alfonso VIII, pudo fundar hacia el año 1181, ya que en éste recibe abundantes donaciones y asiste como abadesa al Capítulo de la Orden que se celebra en las Huelgas de Burgos. Alfonso VIII otorgó a la condesa doña Mencía y al monasterio de San Andrés de Arroyo, el 23 de abril de1181, a cambio de los dos mil áureos que ésta le había prestado, la iglesia de San Millán, ubicada entre Grijalva y Villasandino, además de un prado junto al Río Yodra. Siendo también del mismo año, pero sin fecha otro documento, éste de carácter privado, por el cual María Antolinez, al ingresar en el citado Monasterio, junto a su hija, de la que no menciona el nombre, dona todas sus propiedades a la iglesia de San Andrés de Arroyo y a su abadesa doña Mencía, así como a las monjas presentes y futuras.

No se conoce con exactitud la procedencia de la primera comunidad monástica: quizá vino de Perales, quizá del monasterio de Amaya, donado por Alfonso VIII a doña Mencía en 1173, o quizá de Cañas, monasterio riojano fundado por los padres de la condesa.

     CONSAGRACIÓN DE LA IGLESIA

      La iglesia fue consagrada el año 1222, según se deduce por la borrosa inscripción en la fachada norte del vestíbulo de fieles. Por la misma época se estaba construyendo el vecino monasterio de Aguilar y el maestro de obras que participó en éste desde 1213 a 1226 y de nombre Ricardo, debió tener gran influencia en san Andrés, dentro de la corriente o escuela hispano-langedociana. Debió ser otro taller el que más tarde trabaja en la sala capitular.

FASES CONSTRUCTIVAS

     La actividad constructiva en San Andrés de Arroyo tuvo dos fases principales: la primera de ellas, entre los siglos XII y XIII, cuando se edificaron la iglesia, el claustro y sus dependencias asociadas, y la segunda, en la Edad Moderna, cuando se reformó la cilla y se levantaron los patios auxiliares y los edificios que cierran el coto monástico.

     Durante la Baja Edad Media y la Edad Moderna este monasterio tuvo un gran éxito económico y autoridad territorial, y ni la Desamortización de Mendizábal ni la Guerra Civil hicieron que la comunidad lo abandonase, permaneciendo hoy día viva, tras casi 850 años de continuidad, en el marco de la Congregación de Castilla. Esto permite entender el edificio y su paisaje como resultado material de un conjunto de vivencias históricas con un profundo sentido religioso.

     El edificio fue declarado Monumento Histórico-Artístico en 1931 y actualmente se encuentra dentro de la categoría de Bienes de Interés Cultural.

     LA RAMA FEMENINA CISTERCIENSE

     Debemos también percatarnos de que, a lo largo de la historia, las comunidades monásticas han buscado siempre el retorno a los inicios espirituales para alcanzar a Dios. Por ello, el Císter nació como reforma de la Orden Cluniacense, retomando la Regla de San Benito en su estado inicial. Los fundadores fueron, en 1098, San Roberto de Molesmes, San Alberico y San Esteban, y esta nueva orden fue impulsada por San Bernardo de Claraval. Algo más tarde surgió una rama femenina, que llegó a la Península en 1157 con la fundación del monasterio navarro de Tulebras.